Istnieje kilka teorii na temat przyczyn powstawania fobii. Niektóre z nich bez wątpienia pojawiaj się w wyniku wcześniejszego niemiłego przeżycia związanego z przedmiotem irracjonalnego lęku. Na przykład osoba lękająca się zamkniętych przestrzeni (klaustrofobia) może zdawać sobie sprawę, że strach pojawił się w dzieciństwie, kiedy ktoś zamknął ją w szafie. Fobie mogą też być rezultatem nieszczęśliwych okoliczności, w których wytwarza się błędne koło lęku, zachowania i nagrody. Sytuacja błędnego koła zostaje zapoczątkowana pojawieniem się wzbudzającego lęk bodźca. Po tym doświadczeniu sama myśl o ponownym przeżyciu tego samego wystarcza, by człowiek był gotowy zrobić wszystko w celu uniknięcia takiej sytuacji. Wkrótce jednak chory przestaje prowadzić normalne życie, podporządkowując wszystko próbom znalezienia coraz bardziej radykalnych sposobów na uniknięcie lęku. Czasem lęk przed pierwotnym bodźcem może zostać skierowany na inny, związany z nim przedmiot lub sytuacje. Na przykład ktoś, kto jako dziecko omal nie utonął, może później odczuwać bardzo silny i irracjonalny lęk przed wodą, nawet kałużą. Często ten pierwotny bodziec zostaje zapomniany albo zagubiony w nieświadomości.